牧风翔子和小林凤雪两人在解决奈良警厅警部遇袭案件后，两人从奈良站搭乘动车回到东京新风町然后两人返校。
第二天一早，两人从新风武侦学院混住宿舍来到暗号教室学习颠倒式暗号破解方法并由一木三真指导，而牧风翔子还得学习颠倒式暗号二阶破解方式而之前一些共同课程是新风武侦学院采取的新风武侦学院二年生跟新生混合传授的技能科目。
一木三真老师讲解了颠倒式暗号的基本原理，然后向他们展示了如何破解一个简单的颠倒式暗号。
在暗号教室学习的过程中，她们遇到了一些困难，但在一木三真老师的耐心指导下，她们逐渐克服了这些难题。牧风翔子开始学习颠倒式暗号的二阶破解方法，而小林凤雪学习颠倒式暗号一阶破解方式。
牧风翔子和小林凤雪两人在学习颠倒式暗号时，一木三真接到电话临时出去教室外面接听然后返回暗号教室。
一木三真回到暗号教室后，一木三真开始指导牧风翔子学习颠倒式暗号第二阶段内容，并让小林凤雪将如何破解颠倒式暗号一阶方式记录下来。
在暗号教室内，一木三真坐在讲台上，看着正在下面认真学习的牧风翔子，他对她进行了耐心地指导。在牧风翔子的认真学习下，她对颠倒式暗号有了更深一步的理解。
小林凤雪则坐在角落里，认真地记录着如何破解颠倒式暗号的一阶方式。她将破解方法一一记录在笔记本上，生怕错过任何一个细节。
在一木三真与牧风翔子的共同努力下，牧风牧子终于将颠倒式暗号第二阶段内容掌握。一木三真看着已经掌握了第二阶段内容的牧风翔子，满意地点了点头，然后对牧风翔子说道：“牧风翔子，你已经掌握了颠倒式暗号的第二阶段内容，接下来就要靠你自己去实践和探索了。”
牧风翔子认真地点了点头，她表示自己会努力学习，不断提升自己。一木三真看着她坚定的眼神，不禁露出了微笑。
在暗号教室后，一木三真带着牧风翔子和小林凤雪来到了一个神秘的房间。在这个房间里，摆放着许多奇怪的物品，其中有一个奇怪的箱子引起了她们的注意。
一木三真告诉她们，这个箱子里装着一个非常重要的秘密。她让牧风翔子和小林凤雪一起合力打开箱子，但在打开箱子之前，一木三真提醒她们要注意安全，避免出现意外。
牧风翔子和小林凤雪小心翼翼地打开了箱子，发现里面装着一本破旧的书。一木三真告诉她们，这本书是颠倒式暗号的起源，里面记载着许多关于颠倒式暗号的秘密。
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