尽管达尔文在航行中积累了大量的研究材料，但他并没有立即发表进化论的成果。
他回到英国后，竟然花了15年时间研究一种微小的海洋动物——藤壶。这一时期达尔文几乎将所有时间都花在观察、解剖和研究藤壶的分类和生物特性上。虽然这些研究为他赢得了专业学术界的认可，但他也因此推迟了对进化理论的正式发表。
达尔文对藤壶研究的“痴迷”也有些戏剧性。
一次他从石头上采集了大量藤壶样本，但回到家后发现忘记标记样本的具体采集地点，导致这些宝贵的样本成了“无用之物”。这是他在研究藤壶过程中的一个笑话般的失误。
达尔文一直因为谨慎和拖延，迟迟没有公开自己的进化论研究。
直到1858年，年轻的博物学家阿尔弗雷德·拉塞尔·华莱士给他寄来一篇论文，里面的理论竟与达尔文多年来构思的自然选择学说如出一辙。达尔文意识到自己的研究可能会被“抢发”。
有趣的是，华莱士实际上是受到了达尔文之前出版的著作的启发，并未意识到他已经在无意间步入了达尔文的研究领域。
面对这场“学术危机”，达尔文的朋友们，包括植物学家胡克（joseph dalton hooker）和生物学家赫胥黎（thomas henry huxley），力挺达尔文，并帮助他一起与华莱士的论文同时在伦敦林奈学会（linnean society of london）的会议上发表。
这一举动不仅维护了达尔文的名誉，也避免了潜在的“抢先发表”风波。达尔文和华莱士在这一事件中的合作和友谊，也为科学界留下了一个经典的学术合作典范。
但之所以简单的事情会变得如此复杂，完全是达尔文这个老六过于偷懒，研究成果脱了20年才发表的缘故。若不是华莱士不讲武德，偶然一头冲进了达尔文这个磨蹭之王的地盘，鬼知道这个磨蹭怪会拖多久。
尽管达尔文提出了伟大的进化论，但他的工作方式往往不够系统，甚至缺乏实验记录。
他在贝格尔号航行期间收集了大量的标本和数据，但许多样本却没有详细标注它们的采集位置或背景信息。这导致后来有些研究无法进行有效的追溯。甚至有人调侃，达尔文的理论凭借的是观察力和思维的巨大优势，而不是系统实验的数据支持。
1859年，《物种起源》正式出版，震动了整个学术界和社会。尽管遭到保守派的强烈反对，尤其是教会的批判，但达尔文的理论仍然逐渐获得了广泛认可。晚年的达尔文继续在自己的家中进行植物和昆虫研究，他的著作《人类的由来》进一步探讨了人类的进化问题。
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