天启皇帝要求徐光启上任后，在工部进行一些机构改革。
在原有的营造司，工程司，盐政司的基础上，增设农政司，水利司，兵器司，矿业司，工业司，运输司，安保司。
农政司要培养农业科技人才，指导全国的农业生产，要引进各种农作物种子，寻找适合该类种子生长的地域试种，找到增产丰产的方法，然后推广种植。
明末农民起义的原因就是旱灾频发，农民没有收成，不造反就会饿死，那只能造反。
朱效文相信，只要在北方地区大规模种植玉米，土豆，红薯等对水资源要求不高的农作物，对于现在靠天吃饭的农民来说，绝对不会没饭吃。
除了这些基本作物，还有大豆，蚕豆，赤豆，绿豆等豆类作物，对环境要求也不高，不用施肥就能生长。
在沿江沿海地带，北方高原地带，可以种植棉花，这些是在后世已经证明可以成功的。
至于种子哪里来，那不是有咱这个穿越人士吗。
水利司的工作就是疏浚拓宽河道，寻找合适的地方多建水库；雨涝之年蓄水，以防来年干旱；明末大旱大涝之年特别多，大旱往往伴随着大涝，大涝之后出现大旱，原本靠天吃饭的农民基本玩完。
水利工程规模浩大，资金耗费也是巨大，所以单靠国家投资是不现实的，只能发动各个地方官府和地方民众一起来干，毕竟在当地搞水利工程也是造福当地百姓，百姓也能理解接受，相信一定可以推行下去的。
如果有灾害严重的地方，官府可以趁机组织灾民以工代赈，修建大型水利工程，一举两得。
兵器司就是专职为军队打造兵器，原来这个部门只是营造司下属机构，负责的官员只是正六品的主事，现在单独成司，主官变成正四品的郎中，下属部门更多更全，对提高兵器生产的产量和质量肯定有帮助。
另外，兵器司要提高工匠的收入和福利待遇，集中更多的能工巧匠，可以促进制造水平和制造工艺的提高。
还有一件事，工部和兵器司要在年内完成现在大明的火药生产厂——王恭厂的搬迁，把一个火药工厂建在城内，肯定是不合适的，原本的历史，在天启六年发生了王恭厂大爆炸，损失惨重。
王恭厂搬到郊区丰台，另外在丰台建设军队大营，用军队来保障这种重要工厂不被外敌奸细潜入破坏，当然，王恭厂内部由安保司负责安保，要制定更合理严密的安保措施，实行严格的安全生产规定。
矿业司负责在全国范围内寻找金银铜铁煤等矿产，然后开发矿产。
工业司负责在矿产地附近建设工厂，提炼金银铜铁，煤矿需要进行选煤洗煤，然后想办法运到城市销售。
运输司负责全国的公路官道建设，河流航道的疏浚拓宽，统计记录运输通航情况，绘制地图，统筹安排物资运输，并与安保司合作，保证运输线路的安全。
安保司属于工部的武装保卫力量，全部编制不超过一万人。
另外，工业司负责监管全国的工业生产，积极鼓励民间资本投入开发纺织业，印染业，服装业，榨油业，粮食加工业等初级工业，统计全国的工业产量，帮助各类工厂解决一些技术问题，保护工业企业不受地方政府和地痞流氓等恶势力的刁难欺压。
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