“根部”，一个独立于暗部之外，只听令于志村团藏的特别情报部门。
主要负责清除对木叶忍者村具有安全威胁的人和组织，以及安插卧底进入其他忍者村，收集其他忍村的各种相关信息。
在第二次忍界大战中期，战场情报的获取变得尤为重要，各大忍者村纷纷开始重视起本国的情报获取能力，此时，作为火影副手的志村团藏，也以战争的需要为由，组建了比暗部隐藏的更深的“根部”。
二战末期，在志村团藏的领导下，“根部”出色的完成了对雨隐村和砂隐村完整情报的获取，推动了多起有针对性的，对敌方重要据点的偷袭，效果不错，加上当时横空出世的木叶三忍，最终，战争以木叶忍者村的胜利而结束！
战争过后，“根部”也被志村团藏顺其自然的完全掌握在手中，成为了“忍之暗”团藏手中的嗜血利刃！
根部的基地建立在最幽深的地底，安全，无光，冰冷，这和根部的特点完美契合。
’根部’的木叶基地内，最里面的一排办公室，是根部的研究中心，负责一些特殊的研究工作。
木叶三忍之一的大蛇丸，正是这个部门的负责人。
第二次忍界大战结束后，在团藏的鼓动与引诱下，大蛇丸不顾三代火影猿飞日斩的反对，从暗部转入根部，成为了团藏名义上的直属部下，开始了与团藏的合作，为其进行一些不可见光的研究！
团藏独自一人来到基地最深处，此时的他，双手还是完好的，他推开办公室的大门，径直来到大蛇丸的房间。
“大蛇丸，细胞移植技术有了新进展吗？”志村团藏看着眼前黑色长发，皮肤阴白的男子问到。
大蛇丸停下手中的试验，金色的纵长瞳孔微微转动，瞥了眼身后的团藏，不紧不慢的说到：“目前进行的是对比试验，细胞培养时间大致可以确定在五十天左右，移植了这个时间段的细胞的小动物，不良反应基本在可控范围之内，生命体态还算稳定。”
“再观察三个月，没太大问题的话，就可以上报火影大人，开始招募志愿者进行人体移植试验了！”
细胞移植，是大蛇丸和志村团藏目前正在进行的一项重要的研究，目的是批量制造能够使用木遁忍术的忍者。
当然，这项跨时代的研究项目，是志村团藏和大蛇丸一起提出，木叶高层全票同意的。
否则，光是志村团藏的根部，很难不打折扣的提供研究所需要的各种资源，比如足够多的千手柱间的血液和肢体。
与投入成正比的是产出，如果解决了技术问题，可以大量产出木遁忍者，即使他们只有初代火影千手柱间的百分之一的力量，那也足够改变现有的忍者世界秩序，令木叶成为忍界巨无霸的存在，这并不是说说而已！
听到试验进展顺利，团藏心中的阴霾一扫而空，目前，只有精英上忍实力的他，眼馋初代火影的木遁很久了，他说：“那就好，这次来，还有件小事找你帮忙。”
“秽土转生的忍术什么时候给我？”
大蛇丸并没有直接回答，而是问起团藏早就答应好的事。
“这是三天后看守卷轴室的暗部成员资料，和相关的机关部署。”团藏从衣袖中取出一份卷轴，递给大蛇丸。
“你自己去拿吧，对你来说，应该是件很简单的事，我就不出面了！”
大蛇丸接过卷轴，暗暗在心里说到，真是只老狐狸！一点把柄都不肯留下。
在亲眼目睹了纲手的弟弟千手绳树和她的爱人加藤断的死亡后，大蛇丸越发的感受到了生命的脆弱，生命的可贵，他迫切的希望能研究出让人不死的秘术！
秽土转生，就是这样一种忍术，二代火影千手扉间开发出来的，据说可以让死者复活的忍术！
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