三清继承盘古大弟子名号，是为亲传弟子，三清各自所创的人教、阐教、截教合在一起称为盘古正宗，也称玄门，后统称道教。
人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族人为女娲所造，人巫大战仍是不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子广成子为阐教十二金仙之首，广成子助轩辕杀蚩尤，灭其部落，轩辕遂为人皇。
其后，轩辕孙颛顼氏又伤巫族首领九凤，灭其族。至此，巫族不成气候。至大禹时，人教达顶峰。后大巫白起被真武荡魔大帝化身徐福用计镇压进山河社稷图，大巫嬴政与勾陈双双身陨，此后，人间界巫族几乎销声匿迹。
人间界经巫妖大战后，被打碎成无数块，散落成宇宙，再也不能合拢。六道轮回附近，因太阳星、太阴星残存下来，碎块形成地球，因被阴阳滋润，故有灵气。人间界居民剩余大部分仙、妖、人中，有神通者俱都搬往地仙界，与早先移民过去的居民共居地仙界，有大神通者纷纷开宗立派，地仙界中修行成风。而散落于洪荒深处的居民，因路途无限遥远，却回不来了。东皇太一身损后，三清推举鸿钧身边童子童女为天庭玉帝、王母娘娘。巫妖大战后，阿修罗一族出幽冥血海，在地仙界、人间界传下道统，为阿修罗魔教，亦名大乘魔教。偏颇教义的法门，结合了巫法、妖术，仙法，为小乘魔教。
据说天地初开后，天地不稳，盘古大神便头顶蓝天，脚踏大地，每日长高一丈，使天每日也增高一丈，地每日也增厚一丈，经过一万千年，天地定型。后盘古大神有感于天地间万物皆无，便身化洪荒：左眼为日，右眼为月，头发成繁星点点鲜血变成江河湖海，肌肉变成千里沃野骨骼变成草木，筋脉变成道路牙齿变成金石，精髓变成珍珠气为风云，声为雷霆，汗成雨露盘古大神倒下时，头与四肢化成了五岳，而脊梁却成了天地间的支点不周山脉肚济却化成了一片血海，那血海方圆几万里，里面血浪滚滚，鱼虾不兴、鸟虫不至，天地戾气全都聚在了此处，洪荒众人将此处唤做幽冥血海，而盘古左眼所化太阳星中经过数年孕育出两大神兽，此神兽为三足形状像乌鸦却比乌鸦无比庞大，全身金色羽毛，天生带有太阳真火，故为三足金乌，其中一名为帝俊，另一名为太一。
太一、帝俊成立天庭之后，太一为东皇，帝俊为天帝。太一抱混沌钟而生，其实是天道所为，鸿钧老祖为了天地之间的平衡，于是在太一与帝俊出生之时，将混沌钟落于了太阳星内。太一初开灵智之时，东皇钟已在其身边，故称为抱东皇钟而生。东皇钟原名混沌钟，为三大先天至宝之一，能够镇压鸿蒙世界，攻防兼备，因被太一所得故更名为东皇钟，为其伴生之法宝。
巫妖初战，被鸿钧道祖阻拦，道祖言道：千年之内不得开战。因此巫妖两族千年之内未有再战。
然后千年时间已过，最终在巫妖大战中，鲲鹏祖师因看妖族与巫族的战斗渐渐不利于自己，居然背叛妖族，在帝俊跟祖巫战斗最重要关头，变成大鹏将河图洛书偷走，帝俊因此分心，未能及时防备，被祖巫自爆而死，河图洛书在帝俊死后，被女娲娘娘收走，因伏羲在巫妖第二次大战中，为妖族而牺牲，女娲在其死后，用伏羲琴将其最后魂魄保留，但伏羲琴只能够保护伏羲的魂魄暂时不散，女娲为保住伏羲，于是将其最后一丝魂魄送入了河图洛书之中，一则河图洛书为极品先天灵宝之一，又是创世青莲花瓣所化，固然不是一般灵宝能够相比，将伏羲的魂魄送入其中，固然能够保证不散，但最后为顺应天道，女娲只能将其转生，于是河图洛书成了其转生之后的法宝，转生之后的伏羲用其推演出了先天五行卦，而太一在其兄帝俊死后，大怒之下击杀几大祖巫，祖巫见渐渐不敌太一，于是剩余的几大祖巫，在愤怒之下，强良，烛九阴，帝江，祝融，自爆身躯终于是把太一弄的身受重伤，太一仰天嚎怒：“天地不仁，以万物为刍狗，圣人不仁，以生灵为蝼蚁，这便是天道？竟然天道要灭妖族，那么我今日拼死一战！”说罢，引爆元神于剩余的几大祖巫同归于尽。
与其兄帝俊成立天庭，被封为东皇，为妖族第一战力，所修之道为“以力证道”，曾经与其兄帝俊一同在紫霄宫听过鸿钧老祖讲道。太一为圣人之下第一而像孔宣，如来，镇元子那样的圣人之下的第一是在东皇太一死后，因为其出生带有东皇钟为三大先天至宝之一，在经过其不断炼化之后，虽然太一没能够发挥东皇钟全部威力，但也足以使其混元无限接近圣人。其兄帝俊也出生带有两大极品先天灵宝，为河图洛书，实力也可称为当时圣人之下名列前茅的存在，东皇太一的实力离成圣只差一步之遥的距离，但最终因争夺天地气运沾有因果重多，两人在巫妖大战之时与十二祖巫同归于尽，最终妖族只剩下第十太子陆压，从此巫妖两族退出历史舞台，人族兴起。
妖族的兴衰荣辱，可悲可叹。
执掌混沌钟镇压鸿蒙世界，得开天功德
执掌混沌钟统一洪荒万族，得无量功德
执掌混沌钟建立天庭正统，得治世功德
执掌混沌钟规划混沌宇宙，得无量功德。
东皇太一残魂在东皇钟内，后东皇钟归于通天教主之手，自此可以说鸿钧时代结束，三清时代的巅峰开始。
东皇太一复苏之后，借住屈原之手，传下道统信仰，成立南天庭。汉武帝时太一教成为国教，东皇成圣，但因为手下大神不够，所以虽然南天庭统治着世界绝大部分，但远不如玉皇的北天庭有秩序。
澶渊之盟后，宋朝皇室极力打压太一教。南天庭势力也逐步缩直至解散。因为东皇太一的强大神力，天庭北对于他天帝的权利没有剥夺。但东皇一直遨游星空，好似对权利不再感冒，但许多分身时常在三界众神面前活动。
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