袁世凯去世后，华夏开始了长达13年的军阀割据时期。北平权利连续被北洋军阀系统控制，但此时没有一个人具有足够能力单独控制整个北洋系统的军队和政权，各不同派别的领导人以省为单位依靠自己的军事力量形成了地方的军阀和实际上的割据局面。军阀们展开了相互的混战以夺取北平北洋政府的政权。名义上各势力仍受北平中央政府即北洋政府支配，但北洋政府实际上在不同时期也由不同派别军阀统治。大大小小的战役不断，如“直皖战争”、“直奉战争”等导致帝国主义在华夏扩张势力。
1916年北洋政府虽短暂回归双首长制，不过仍发生府院之争的混乱场面。1916年6月7日，作为前革命党人的副总统黎元洪继任总统，袁氏亲信段祺瑞出任国务总理。二者争执不断，史称府院之争。两人的第一次矛盾发生在中华帝国崩溃之后，恢复中华民国是依据1912年的临时约法还是依据1914年的中华民国约法这一问题。作为前革命党人的黎元洪支持前者，而作为袁世凯亲信的段祺瑞则支持后者。经过争论，两方同意中华民国的恢复依据1912年的临时约法，解散1914年袁世凯设立的旧国会，并任命段祺瑞为新国会的总理。作为交换，革命党人同意解散军事委员会。
1917年，两人就华夏是否参与第一次世界大战为由发生矛盾。1917年5月14日，段祺瑞未经国会和总统的许可，便宣布华夏对国宣战，并利用他的亲信将领和军队要求黎元洪解散国会。作为反击，黎元洪解除了段祺瑞的总理职务。而段祺瑞就离开北平，拥兵对抗黎政府，使得众多省份宣布独立，并在决定向北平进军。这使得黎元洪不得不求助于安徽督军张勋。
1917年6月7日，张勋从徐州率五千辫子兵入平拥立清朝末代皇帝溥仪即位，宣布复辟。黎元洪拒绝接受，并协请段祺瑞主持讨伐。复辟仅持续12天被段祺瑞讨平。黎元洪宣告辞职，由副总统冯国璋继任总统，段祺瑞续任。191年月12日重新选举的国会中，段祺瑞控制的安福派系通过贿选等手段获得330多席，成功得控制了国会，被称为安福国会。月14日，国会通过了对德宣战的决议。
在此时，孙中山于1917年7月在广州设立军政府，拥护1912年的临时约法，开展了护法运动以反对北洋政府。对此问题，作为主和派的冯国璋与主战派的段祺瑞时有冲突。最后冯国璋总统任期结束，冯段二人相约共同下野，由袁世凯的老朋友，前清元老兼当过国务卿的徐世昌接任总统，而段氏的皖系在背后操纵政权。
此后皖系、直系、奉系和晋系四系军阀明争暗斗，中央政权频频易手，仅段祺瑞本人就三次组阁，更有曹锟贿选总统丑闻，奉系军阀张作霖也两次进入北平执掌政权，中央政府陷入混乱局面。北洋派内部分裂为直皖两大系，同时奉系在东北崛起。皖系军阀段祺瑞以国务总理身份把持北平政府实权，但他不能缓和北洋派与其他派别以及北洋派内部的矛盾。1917年7月孙中山南下广州，发起护法运动。此时，直、奉两系的扩展尤为迅速。直系首先在与南方军政府作战问题上与皖系发生矛盾，并在前线自行停战，迎合全国人民渴望和平的心理。1920年7月直皖战争的爆发，导致皖系军阀统治结束。
直奉双方起先共同控制着北平政府，但因胜利果实分配不均，在组阁等问题上互相指责，矛盾愈演愈烈。1922年4月，爆发了第一次直奉战争，结果直系击败奉系，独占了所有权利。
击败奉系之后的直系先打着“恢复法统”的旗号，恢复国会，逼徐世昌下台，迎黎元洪复任大总统。继之又对黎元洪“逼宫夺印”，接着直系便高价收买国会议员，于1923年10月通过贿选，收买“猪仔议员”，让曹锟当上了大总统，搞得举国哗然，丧尽民心。反直的一方，奉系败退出关后，宣布“闭关自治”，锐意整军经武，实力大增，皖系不甘寂寞，企图卷土重来南方的孙中山准备北伐，也在寻找盟友，由此形成了孙、皖、奉“反直三角同盟”。直系内部则因争权夺利而四分五裂，冯玉祥部自成一派，且与反直一方暗通款曲。1924年9月，以江浙战争为前奏，第二次直奉战争爆发，奉军大举进攻，直军作战不利。10月，冯玉祥发动北平政变，囚禁曹锟，直系腹背受敌，吴佩孚失败南下，直系军阀统治时期告终。
直系垮台后，奉系控制了北平政权。他们抬出皖系首领段祺瑞为临时执政，实际则在背后操纵。段祺瑞提出召开“善后会议”，但解决不了任何实际问题。各派军阀之间争权夺利，纵横捭阖，敌与友之间根本无一定之分。北方的奉系与冯玉祥国民军系首先发生矛盾，这一矛盾的激化，又使奉系与吴佩孚重新携手，共同反冯，1926年初将冯部挤出华北。奉系内部，郭松龄于1925年底联合冯玉祥倒奉，由于日本的干涉而失败。同时，东南孙传芳与奉军激战，一跃而为五省霸主。到1926年4月，段祺瑞下台，其后奉、直两系在围攻后起造反派国民军的共同目标下“联合”起来，暂时建立了他们在华夏中部和北部的统治，并组成直系和奉系军阀势力所控制的北平政府，这个政府由内阁“摄政”。
北洋军阀政府在面临失败的最后关头，仍不愿意自动退出历史舞台。1927年6月，张作霖在北平组织安政府，自任大元帅，企图联合各派军阀，进行最后挣扎。蒋介石、汪精卫先后进行“清党”、“分共”，使北伐中途停顿，给北洋军阀以短暂喘息之机。然而为时不久，国民派各派再度联合继续进行所谓后期北伐，张作霖见大势已去，遂于192年6月下令退出平津一带，向东北收缩。他本人在回沈阳途中，行至皇姑屯被日本关东军预埋的炸弹炸死，史称“皇姑屯事件”。192年6月日，国民革命军进入北平，北洋军阀政府在中国的统治最后结束。同年12月29日，张学良宣布“东北易帜”，全国实现了形式上的统一。
1913年二次革命失败之后，孙中山流亡日本。1914年孙中山在日本组建中华革命党。孙吸取了之前的教训，严格控制组织总部和支部，并享有各级组织的人事任免权。这成为了后来的国民派和国民政府的民主集中制的雏形。1916年，孙回到上海。
1917年，孙中山前往广州与南方的军阀合作，开始了护法运动。1917年月25日，广州军政府建立，孙中山成为当时在广州的南方军阀的大元帅。但是桂系军阀私怀野心，迫使孙中山于191年5月离开军政府，回到上海。1919年10月10日，孙中山重组中国国民派。1920年，亲孙的粤系势力在第一次粤桂战争中击败桂系，取回了对广州军政府的控制。孙中山于11月底返回广州，重建军政府，继续护法运动。1921年4月2日，军政府取消，改为中华民国政府，由孙中山任总统。
1921年5月5日，孙中山在广州就任非常大总统，在对外宣言中他表示：“列强及其人民依条约契约及成例，正当取得之合法权利当尊重之。”对国内天然资源的开发则实行“开放门户主义，欢迎外国之资本及技术”。但希望各国承认广州政府“为中华民国唯一之政府”。5月6日，非常大总统孙中山任命国务院各部长官。任命伍廷芳为外交部长，唐绍仪为财政总长，陈炯明为内政总长兼陆军总长，汤廷光为海军总长，李烈钧为参谋总长，徐绍桢为总统府参军长，马君武为总统府秘书长。
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